Alcatraz Island nằm ở giữa Vịnh San Francisco ngay phía đông của Cổng Vàng; Cửa ngõ tự nhiên vào Thái Bình Dương. Khí hậu không thể đoán trước và có thể thay đổi đột ngột dựa trên vùng nước mát và thung lũng ấm áp. Buổi sáng lạnh, sương mù có thể nhường chỗ cho những buổi chiều đầy nắng, từ đó có thể chuyển nhanh trở lại sương mù và gió mạnh vào buổi chiều.
Thời tiết dễ chịu nhất thường xảy ra trong tháng 4, tháng 5 và tháng 6, và sau đó một lần nữa trong tháng 9 và tháng 10. Mùa hè mang lại một số thời tiết mát mẻ nhất và sương mù nặng nhất cho hòn đảo, điều này gây ngạc nhiên cho nhiều du khách ngoài thị trấn đến San Francisco.

Nhiệt độ trên đảo Alcatraz hiếm khi tăng trên 75 ° F (24 ° C) hoặc giảm xuống dưới 38 ° F (3 ° C). Nó hầu như không bao giờ có tuyết trên đảo, nhưng mùa đông có thể ẩm ướt và lạnh. Gió buổi chiều là phổ biến trong mỗi mùa.

Mưa xảy ra thường xuyên trong mùa đông và đầu mùa xuân. Khoảng một nửa của tuyến đường du lịch Alcatraz là dọc theo bên ngoài đường bộ mà không có nơi trú ẩn từ mưa, vì vậy ăn mặc cho thời tiết ẩm ướt có thể. (Thiết bị mưa có sẵn để mua tại Alcatraz Landing và trong các hiệu sách đảo.)

Người San Franciscans bản địa có một câu nói: "Luôn luôn ăn mặc theo lớp và hy vọng sẽ được ngạc nhiên dễ chịu."