האי אלקטרז יושב באמצע מפרץ סן פרנסיסקו ממזרח לשער הזהב; השער הטבעי לאוקיינוס השקט. האקלים הוא בלתי צפוי ויכול להשתנות פתאום בהתבסס על מים קרים ועמקים חמים. בקרים קרים וערפיליים עשויים לפנות את מקומם לשעות אחר צהריים שטופות שמש, שבתורן יכולות להשתנות במהירות חזרה לערפל ורוחות עזות בשעות אחר הצהריים.
מזג האוויר הנעים ביותר מתרחש בדרך כלל במהלך אפריל, מאי ויוני, ואז שוב במהלך ספטמבר ואוקטובר. הקיץ מביא איתו את מזג האוויר הקריר ביותר ואת הערפל הכבד ביותר לאי, מה שמפתיע מבקרים רבים מחוץ לעיר בסן פרנסיסקו.

לעתים רחוקות הטמפרטורות באי אלקטרז עולות מעל 24 מעלות צלזיוס או יורדות מתחת ל-3 מעלות צלזיוס. כמעט אף פעם לא יורד שלג על האי, אבל החורף יכול להיות רטוב וקר. רוחות אחר הצהריים נפוצות בכל עונה.

גשם יורד לעתים קרובות במהלך החורף ותחילת האביב. כמחצית ממסלול הסיור של אלקטרז נמצא לאורך כבישים חיצוניים ללא מחסה מהגשם, אז התלבשו למזג אוויר רטוב אפשרי. (ציוד גשם זמין לרכישה ב Alcatraz Landing ובחנויות הספרים של האי.)

לילידי סן פרנציסקאנים יש אמרה: "תמיד התלבשו בשכבות ומקווים להיות מופתעים לטובה".