アルカトラズ島を最初に訪れたのは、1万年から2万年前に到着した先住民である。湾の北、現在のマリン郡に住んでいたミウォク族と、ポイント・サーとサンフランシスコ湾の間の沿岸地域に住んでいたオローン族である。
これらの先住民族によるアルカトラズの初期の利用については、部族の口承史料がほとんど失われているため、復元が困難である。歴史家たちは、アルカトラズはキャンプをする場所として、また食料、特に鳥や海洋生物の卵を採集する場所として使われていたと考えている。部族の掟に違反した部族の追放場所として使われたという伝承もある。

1769年にスペイン人探検家が初めて到着したとき、サンフランシスコ湾周辺には1万人以上の先住民が暮らしていた。