알카트라즈 섬을 처음 방문한 사람들은 1만 년에서 2만 년 전에 이곳에 도착한 원주민들이었습니다. 현재 마린 카운티의 만 북쪽에 살던 미웍(Miwok) 부족과 포인트 수르와 샌프란시스코 만 사이의 해안 지역에 살던 올론(Ohlone) 부족이 만 주변에 크게 두 그룹으로 나뉘어 살았습니다.
이 원주민들이 알카트라즈를 처음 사용했던 시기는 부족의 구전 역사가 대부분 사라졌기 때문에 재구성하기 어렵습니다. 역사가들은 알카트라즈가 캠핑 장소이자 식량, 특히 새와 해양 생물의 알을 채집하는 장소로 사용되었다고 믿습니다. 한 가지 전통은 이 섬이 부족 법을 위반한 부족원들의 추방 장소로 사용되었다는 것입니다.

1769년 최초의 스페인 탐험가들이 도착했을 당시 샌프란시스코 만 주변에는 1만 명 이상의 원주민이 살고 있었어요.