अल्काट्राज़ द्वीप की यात्रा करने वाले पहले लोग स्वदेशी लोग थे जो 10,000 और 20,000 साल पहले वहां पहुंचे थे। दो बड़े समूह खाड़ी के चारों ओर रहते थे: मिवोक जो मारिन के वर्तमान काउंटी में खाड़ी के उत्तर में रहते थे, और ओहलोन जो प्वाइंट सुर और सैन फ्रांसिस्को खाड़ी के बीच तटीय क्षेत्रों में रहते थे।
इन स्वदेशी लोगों द्वारा अल्काट्राज़ का प्रारंभिक उपयोग पुनर्निर्माण करना मुश्किल है क्योंकि जनजातियों के अधिकांश मौखिक इतिहास खो गए थे। इतिहासकारों का मानना है कि Alcatraz शिविर के लिए एक जगह के रूप में इस्तेमाल किया गया था और भोजन इकट्ठा करने के लिए एक क्षेत्र, विशेष रूप से पक्षियों और समुद्री जीवन के अंडे। एक परंपरा यह हो सकती है कि द्वीप का उपयोग जनजाति के सदस्यों के लिए निर्वासन के स्थान के रूप में किया गया था जिन्होंने आदिवासी कानून का उल्लंघन किया था।

जब 1769 में पहले स्पेनिश खोजकर्ता पहुंचे, तो सैन फ्रांसिस्को खाड़ी के आसपास 10,000 से अधिक स्वदेशी लोग रह रहे थे।