第一批来到恶魔岛的人是土著居民，他们在1万到2万年前来到这里。海湾周围居住着两大族群：米沃克人（Miwok）和奥隆人（Ohlone），前者居住在海湾以北，即现在的马林县；后者居住在苏尔角（Point Sur）和旧金山海湾之间的沿海地区。
这些原住民早期使用恶魔岛的情况很难再现，因为大多数部落的口述历史已经失传。历史学家认为，恶魔岛曾被用作露营地和采集食物（尤其是鸟蛋和海洋生物）的地方。一种传统可能是，该岛被用作违反部落法律的部落成员的流放地。

当第一批西班牙探险家于 1769 年抵达旧金山时，旧金山湾周围居住着超过 10,000 名土著人。