1934年、陸軍はアルカトラズを民間の刑務所局（BOP）に移管した。BOPは老朽化した軍用刑務所を最新鋭の民間の刑務所に改築した。アルカトラズは、まもなく米国史上最も有名な連邦刑務所となった。
アルカトラズ島は、アメリカ初の最高警備、最低特権の刑務所として設計され、今日「スーパーマックス」と呼ばれる施設である。1934年から1963年まで、アルカトラズ島にはアメリカで最も悪名高い犯罪者、脱獄者、ギャングのリーダー、トラブルメーカーが収容されました。彼らは、サンフランシスコ湾の真ん中に浮かぶ岩だらけの島という、事実上脱走不可能な環境の中で、最も安全で統制のとれた条件の下に収容されていました。そこに送られた者たちにとって、アルカトラズは終着駅だったのです。

アルカトラズは、他の連邦刑務所から移送されてくる受刑者しかいないため、「刑務所の中の刑務所」と呼ばれることもあった。裁判所は、アルカトラズへの投獄を命じることができなかったのです。その代わり、BOPは最も厄介な囚人を、よりセキュリティの低い施設に安全に戻すことができると判断されるまで、「ザ・ロック」に送り込んでいたのだ。平均すると5年の刑期である。

連邦刑務所が運営されていた期間、36人の囚人が14回の脱走を試みた。23人が捕まり、6人が射殺され、2人が溺死した。5人の囚人が姿を消して行方不明になったが、溺死して遺体が発見されなかったというのが圧倒的な確率である。

1963年初頭、ロバート・ケネディ司法長官は、維持・運営コストの増加を理由にアルカトラズ刑務所の閉鎖を命じました。1963年3月21日、最後の囚人が島から追い出されました。アルカトラズ島が閉鎖されると、代わりにイリノイ州マリオンに新しい最高警備の連邦刑務所が建設されました。

現在、コロラド州フローレンスには、政府の "超最高級施設 "がある。非公式の愛称は "ロッキー山脈のアルカトラズ "である。

アルカトラズ刑務所の詳細については、BOP Alcatraz historyのBureau of Prisons公式ウェブサイトをご覧ください。