多くの移民にとって、エリス島への到着は1週間から数ヶ月に及んだ。法律上または医療上の問題がある場合、乗客は連れ出され、メインフロアの入り口に隣接する病院の宿舎のひとつに収容された。状況に応じて、その人は1週間か1ヶ月間島に留め置かれるか、元の国に強制送還される。この島の病院は、アメリカ最大級の公衆衛生病院だった。つの島に22棟の病院があった。300人以上の医師、看護師、その他の医療スタッフが働いていた。