Birçok göçmen için Ellis Adası'na varış bir haftadan birkaç aya kadar sürebiliyordu. Eğer bir yolcunun yasal ya da tıbbi bir sorunu varsa, yolcu adadan çıkarılır ve ana girişin yanında bulunan hastane binalarından birinde tutulurdu. Duruma bağlı olarak kişi ya bir hafta ya da bir ay boyunca adada tutulur ya da ülkesine geri gönderilirdi. Adadaki hastane Birleşik Devletler'deki en büyük kamu sağlık hastanelerinden biriydi. İki adaya yayılmış yirmi iki hastane binası vardı. Hastanenin statüsü ve 300'den fazla doktor, hemşire ve diğer sağlık personelini istihdam eden personel büyüklüğü nedeniyle, hastane Amerika Birleşik Devletleri Avrupa'dan tıbbi gözlemcileri çekmesiyle tanınıyordu.