Per molti immigrati l'arrivo a Ellis Island durava da una settimana a qualche mese. Se c'era un problema con un passeggero che aveva a che fare con questioni legali o mediche, il passeggero veniva rimosso e trattenuto in uno dei quartieri dell'ospedale dell'edificio situato accanto all'entrata del livello principale. A seconda della situazione la persona sarebbe stata tenuta sull'isola per una settimana o un mese o sarebbe stata deportata nel suo paese d'origine. L'ospedale dell'isola era uno dei più grandi ospedali pubblici degli Stati Uniti. C'erano ventidue edifici ospedalieri sparsi su due isole. A causa dello status dell'ospedale e del suo dimensionamento del personale che impiegava oltre 300 medici, infermieri e altro personale medico, l'ospedale era ben noto per attirare osservatori medici dagli Stati Uniti all'Europa.