Για πολλούς μετανάστες η άφιξη στο Ellis Island διαρκούσε από μία εβδομάδα έως μερικούς μήνες. Εάν υπήρχε πρόβλημα με έναν επιβάτη που είχε να κάνει με νομικά ή ιατρικά θέματα, ο επιβάτης απομακρυνόταν και κρατούνταν σε ένα από τα νοσοκομειακά διαμερίσματα του κτιρίου που βρίσκονταν δίπλα στην είσοδο του κεντρικού επιπέδου. Ανάλογα με την κατάσταση, το άτομο είτε θα κρατούνταν στο νησί για μια εβδομάδα ή ένα μήνα είτε θα απελαυνόταν πίσω στην αρχική του χώρα. Το νοσοκομείο του νησιού ήταν ένα από τα μεγαλύτερα δημόσια νοσοκομεία υγείας στις Ηνωμένες Πολιτείες. Υπήρχαν είκοσι δύο νοσοκομειακά κτίρια κατανεμημένα σε δύο νησιά. Λόγω της κατάστασης του νοσοκομείου και του μεγέθους του προσωπικού που απασχολούσε πάνω από 300 γιατρούς, νοσηλευτές και άλλο ιατρικό προσωπικό, το νοσοκομείο ήταν γνωστό ότι προσέλκυε ιατρικούς παρατηρητές από την Ευρώπη των Ηνωμένων Πολιτειών.