Gli Indiani d'America di molte tribù tornarono sull'isola nel novembre 1969. Alcatraz era rimasta inattiva per sei anni, da quando il Bureau of Prisons aveva chiuso il penitenziario. Nessuno aveva presentato un piano fattibile per il riutilizzo di Alcatraz, così gli attivisti indiani d'America si impadronirono dell'isola poco prima del Giorno del Ringraziamento e la rivendicarono come terra indiana. Si trattò di una protesta politica pubblicizzata a livello internazionale per focalizzare l'attenzione sulla condizione degli Indiani d'America.
L'unità degli indiani era un punto chiave del movimento indiano e si pensava di creare un centro culturale indiano ad Alcatraz. Uno degli occupanti più ispirati fu Richard Oakes, un giovane studente Mohawk descritto come bello, carismatico e oratore di talento. I media lo cercavano spesso e lo identificavano come il leader, il capo o il sindaco di Alcatraz. La tragedia lo colpì all'inizio del 1970, quando la giovane figliastra Yvonne rimase uccisa in una caduta sull'isola. Richard Oakes se ne andò poco dopo e l'occupazione cominciò a perdere slancio.

Per diciotto mesi, gli Indiani d'America e le loro famiglie vissero sull'isola. Tuttavia, l'interesse pubblico per l'occupazione si affievolì e l'ordine tra gli abitanti dell'isola cominciò a deteriorarsi. Gli sceriffi federali rimossero i rimanenti occupanti dall'isola nel giugno 1971.

L'occupazione di Alcatraz è oggi riconosciuta come una pietra miliare nella storia degli Indiani d'America. Molti indiani considerano oggi la presa di Alcatraz come un nuovo inizio, un risveglio della cultura, delle tradizioni, dell'identità e della spiritualità degli Indiani d'America.

Ogni anno, gli indiani di tutte le tribù tornano sull'isola di Alcatraz il Columbus Day e il Giorno del Ringraziamento per tenere una cerimonia all'alba per i popoli indigeni e per commemorare l'occupazione.

Per informazioni più dettagliate sull'occupazione indiana di Alcatraz, visitate il sito NPS history.