Die Armee übergab Alcatraz 1934 an das zivile Bureau of Prisons (BOP). Das BOP baute das in die Jahre gekommene Militärgefängnis rasch zu einem hochmodernen zivilen Hochsicherheitsgefängnis um. Alcatraz sollte bald das berühmteste Bundesgefängnis in der Geschichte der Vereinigten Staaten werden.
Alcatraz wurde als erstes amerikanisches Hochsicherheitsgefängnis mit minimalen Freiheitsstrafen konzipiert, das heute als "Super Max"-Anstalt bezeichnet wird. Von 1934 bis 1963 beherbergte Alcatraz einige der berüchtigtsten Straftäter, Ausbrecher, Bandenführer und Unruhestifter Amerikas. Sie wurden unter strengsten Sicherheitsvorkehrungen in einer praktisch ausbruchsicheren Umgebung auf einer Felseninsel mitten in der Bucht von San Francisco festgehalten. Für die Männer, die dorthin geschickt wurden, war Alcatraz das Ende der Fahnenstange.

Alcatraz wurde manchmal als "Gefängnis im Gefängnis" bezeichnet, da die einzigen Insassen, die dorthin geschickt wurden, aus anderen Bundesgefängnissen überstellt wurden. Die Gerichte konnten niemanden nach Alcatraz verurteilen. Stattdessen war "The Rock" der Ort, an den das BOP seine problematischsten Gefangenen schickte, bis entschieden wurde, dass sie sicher in eine Einrichtung mit geringerer Sicherheitsstufe zurückgebracht werden konnten. Die durchschnittliche Aufenthaltsdauer betrug fünf Jahre.

Während des Betriebs des Bundesgefängnisses waren 36 Gefangene an 14 verschiedenen Fluchtversuchen beteiligt. Dreiundzwanzig Männer wurden gefasst, sechs wurden erschossen und zwei ertranken. Fünf Sträflinge verschwanden und wurden nie wieder gesehen, aber die Wahrscheinlichkeit, dass sie ertranken und ihre Leichen nie gefunden wurden, ist überwältigend.

Anfang 1963 ordnete Generalstaatsanwalt Robert Kennedy die Schließung der Strafvollzugsanstalt Alcatraz an und begründete dies mit den steigenden Wartungs- und Betriebskosten. Die letzten Häftlinge wurden am 21. März 1963 von der Insel verlegt. Als die Insel geschlossen wurde, wurde sie durch ein neues Hochsicherheitsgefängnis in Marion, Illinois, ersetzt.

Heute befindet sich die "Super Max"-Anstalt der Regierung in Florence, Colorado. Ihr inoffizieller Spitzname lautet "Alcatraz der Rocky Mountains".

Weitere Informationen über das U.S. Penitentiary on Alcatraz finden Sie auf der offiziellen Website des Bureau of Prisons unter BOP Alcatraz history.