El ejército transfirió Alcatraz a la Oficina de Prisiones civil (BOP) en 1934. La BOP convirtió rápidamente la vetusta prisión militar en un centro penitenciario civil de máxima seguridad y de última generación. Alcatraz se convertiría poco después en la prisión federal más famosa de la historia de Estados Unidos.
Alcatraz se diseñó para ser el primer centro penitenciario de máxima seguridad y mínimo privilegio de Estados Unidos, lo que hoy se denomina una institución "supermáxima". De 1934 a 1963, Alcatraz albergó a algunos de los delincuentes más famosos de Estados Unidos, artistas de la fuga, líderes de bandas y alborotadores en general. Fueron recluidos en las condiciones más seguras y regimentadas, en un entorno prácticamente a prueba de fugas en una isla rocosa en medio de la bahía de San Francisco. Para los hombres enviados allí, Alcatraz era el final del camino.

Alcatraz era llamada a veces la "prisión dentro del sistema penitenciario", ya que los únicos reclusos enviados allí eran trasladados desde otras prisiones federales. Los tribunales no podían condenar a nadie a Alcatraz. En cambio, "La Roca" era el lugar al que el BOP enviaba a sus presos más problemáticos hasta que se decidía que podían ser devueltos con seguridad a una institución de menor seguridad. La estancia media era de cinco años.

Durante el período en que funcionó la penitenciaría federal, 36 presos participaron en 14 intentos de fuga distintos. Veintitrés hombres fueron capturados, seis murieron por disparos y dos se ahogaron. Cinco reclusos desaparecieron y nunca se les volvió a ver, pero lo más probable es que se ahogaran y que sus cuerpos nunca se recuperaran.

A principios de 1963, el fiscal general Robert Kennedy ordenó el cierre de la Penitenciaría de Alcatraz alegando el aumento de los costes de mantenimiento y funcionamiento. Los últimos presos fueron sacados de la isla el 21 de marzo de 1963. Cuando la isla cerró, fue sustituida por una nueva prisión federal de máxima seguridad en Marion, Illinois.

En la actualidad, la institución "supermáxima" del gobierno se encuentra en Florence, Colorado. Su apodo no oficial es "Alcatraz de las Rocosas".

Para obtener más información sobre la Penitenciaría de Estados Unidos en Alcatraz, visite el sitio web oficial de la Oficina de Prisiones en BOP Alcatraz history.