Sejarah Kubu
California menjadi milik Amerika Syarikat pada 2 Februari 1848 dalam perjanjian dengan Mexico yang menamatkan Perang Mexico. Seminggu sebelumnya, pada 24 Januari, emas telah ditemui di kaki bukit Pergunungan Sierra Nevada. Dalam tempoh tiga tahun, populasi San Francisco akan meletup daripada sekitar 500 kepada lebih daripada 35,000 apabila pencari emas mengalir ke California.
Beratus-ratus kapal, menuju ke San Francisco semasa Gold Rush, karam di sepanjang pantai California yang berbahaya. Rumah api pertama di Pantai Barat Amerika Syarikat telah dibina di Alcatraz untuk membimbing kapal dengan selamat ke Teluk San Francisco. Rumah api mula beroperasi pada 1 Jun 1854.
Tentera Darat A.S., menyedari Teluk San Francisco terdedah kepada serangan musuh, mengukuhkan pintu masuk pelabuhan dengan bateri strategik termasuk kubu di Pulau Alcatraz. Kubu ini telah siap pada Disember 1859. Semasa Perang Saudara Amerika (1861–1865) Alcatraz menjadi kubu Amerika terbesar di barat Sungai Mississippi.
Tentera mula menghantar banduan askar ke kubu Alcatraz pada awal tahun 1860. Dalam tempoh empat puluh tahun berikutnya, Pulau itu secara beransur-ansur menjadi usang sebagai kubu dan lebih penting sebagai penjara. Tentera AS mengeluarkan senjata kubu dan pada tahun 1907 secara rasmi menetapkan Alcatraz sebagai Penjara Tentera.
Tentera menamakan semula Pulau itu pada tahun 1915 sebagai "Cawangan Pasifik, Berek Disiplin AS"—sebuah penjara untuk tentera yang menjalani hukuman dan latihan semula. Tahanan tentera membina sebahagian besar bangunan di Pulau itu. Ini akan menjadi peranan ketenteraan terakhir untuk Pulau itu sehingga askar terakhir berlepas pada tahun 1933.