Μέχρι το 1850 ο χρυσορυμός βρισκόταν στο απόγειό του και η Καλιφόρνια έγινε δεκτή ως η τριακοστή πολιτεία της Ένωσης. Το Αλκατράζ και διάφορα άλλα νησιά του κόλπου δεσμεύτηκαν "για δημόσιους σκοπούς" με προεδρικό διάταγμα στις 6 Νοεμβρίου 1850.
Εκατοντάδες πλοία, που κατευθύνονταν προς το Σαν Φρανσίσκο κατά τη διάρκεια του Χρυσού Βιασμού, ναυάγησαν κατά μήκος της επικίνδυνης ακτογραμμής της Καλιφόρνιας. Ο πρώτος φάρος στη δυτική ακτή των Ηνωμένων Πολιτειών χτίστηκε στο Αλκατράζ για να καθοδηγεί τα πλοία με ασφάλεια στον κόλπο του Σαν Φρανσίσκο. Ο φάρος τέθηκε σε λειτουργία την 1η Ιουνίου 1854.

Ο αμερικανικός στρατός, αντιλαμβανόμενος ότι ο κόλπος του Σαν Φρανσίσκο ήταν ευάλωτος σε εχθρικές επιθέσεις, οχύρωσε την είσοδο του λιμανιού με στρατηγικές πυροβολαρχίες, συμπεριλαμβανομένου ενός οχυρού στο νησί Αλκατράζ. Το οχυρό ολοκληρώθηκε τον Δεκέμβριο του 1859. Κατά τη διάρκεια του Αμερικανικού Εμφυλίου Πολέμου (1861-1865) το Αλκατράζ έγινε το μεγαλύτερο αμερικανικό οχυρό δυτικά του ποταμού Μισισιπή.

Ο στρατός άρχισε να στέλνει στρατιώτες-καταδίκους στο οχυρό Αλκατράζ στις αρχές του 1860. Κατά τα επόμενα σαράντα χρόνια, το νησί σταδιακά παρήκμασε ως οχυρό και έγινε πιο σημαντικό ως φυλακή. Ο αμερικανικός στρατός απομάκρυνε τα πυροβόλα του οχυρού και το 1907 χαρακτήρισε επίσημα το Αλκατράζ ως στρατιωτική φυλακή.

Ο στρατός μετονόμασε το νησί το 1915 σε "Pacific Branch, U.S. Disciplinary Barracks" - μια φυλακή για στρατιώτες που υποβάλλονταν σε τιμωρία και επανεκπαίδευση. Οι κρατούμενοι του στρατού έχτισαν τα περισσότερα από τα κτίρια στο νησί. Αυτός θα ήταν ο τελευταίος στρατιωτικός ρόλος του Νησιού μέχρι να αναχωρήσουν οι τελευταίοι στρατιώτες το 1933.