בשנת 1850 הייתה הבהלה לזהב בשיאה, וקליפורניה התקבלה כמדינה ה-30 באיחוד. Alcatraz וכמה איי מפרץ אחרים היו שמורים "למטרות ציבוריות" על ידי צו נשיאותי ב -6 בנובמבר 1850.
מאות ספינות, בדרכן לסן פרנסיסקו במהלך הבהלה לזהב, נהרסו לאורך קו החוף המסוכן של קליפורניה. המגדלור הראשון בחוף המערבי של ארצות הברית נבנה על Alcatraz כדי להנחות ספינות בבטחה לתוך מפרץ סן פרנסיסקו. המגדלור נכנס לשירות ב-1 ביוני 1854.

צבא ארה"ב, שהבין שמפרץ סן פרנסיסקו היה פגיע למתקפת אויב, ביצר את הכניסה לנמל עם סוללות אסטרטגיות כולל מבצר באי אלקטרז. המבצר הושלם בדצמבר 1859. במהלך מלחמת האזרחים האמריקנית (1861-1865) אלקטרז הפך למבצר האמריקאי הגדול ביותר ממערב לנהר המיסיסיפי.

בתחילת 1860 החל הצבא לשלוח חיילים-אסירים למבצר אלקטרז. במהלך ארבעים השנים הבאות, האי הפך בהדרגה מיושן כביצור וחשוב יותר ככלא. צבא ארצות הברית הסיר את תותחי המבצר ובשנת 1907 הגדיר רשמית את אלקטרז כבית סוהר צבאי.

בשנת 1915 שינה הצבא את שמו של האי ל"סניף האוקיינוס השקט, צריפי המשמעת של ארה"ב" – כלא לחיילים שעברו ענישה והסבה. אסירים צבאיים בנו את רוב הבניינים על האי. זה יהיה התפקיד הצבאי האחרון של האי עד שהחיילים האחרונים יצאו ב-1933.