Salah satu yang paling penting, namun sering dilupakan, "mercu tanda" sejarah Pulau Alcatraz adalah Pendudukan Asli Amerika, yang berada di barisan hadapan dari tahun 1969-1971.
Bermula pada 20 November 1969, sekumpulan orang asli Amerika, yang dikenali sebagai India dari Semua Suku dan kebanyakannya pelajar kolej dari San Francisco, menduduki pulau itu untuk membantah dasar persekutuan yang berkaitan dengan India Amerika. Sebahagian daripada mereka adalah anak-anak orang asli Amerika yang telah berpindah ke bandar sebagai sebahagian daripada dasar penamatan India Biro Hal Ehwal India (BIA), yang merupakan satu siri undang-undang dan dasar yang bertujuan untuk asimilasi orang asli Amerika ke dalam masyarakat Amerika arus perdana, terutamanya dengan menggalakkan orang asli Amerika untuk berpindah dari tempahan India dan ke bandar-bandar. Beberapa pekerja BIA juga menduduki Alcatraz pada masa itu, termasuk Doris Purdy, seorang jurugambar amatur, yang kemudiannya menghasilkan rakaman penginapannya di pulau itu.

Penghuni, yang tinggal di pulau itu selama hampir dua tahun, menuntut kemudahan pulau itu disesuaikan dan struktur baru dibina untuk pusat pendidikan India, pusat ekologi dan pusat kebudayaan. Orang India Amerika menuntut pulau itu dengan peruntukan Perjanjian Fort Laramie (1868) antara AS dan Sioux. Mereka mendakwa perjanjian itu berjanji untuk memulangkan semua tanah persekutuan yang telah bersara, terbengkalai atau tidak digunakan kepada orang asli yang mana mereka diperoleh. Orang India dari Semua Puak kemudian menuntut Pulau Alcatraz oleh "Hak Penemuan," kerana orang asli menemuinya beribu-ribu tahun sebelum mana-mana orang Eropah telah datang ke Amerika Utara. Dimulakan oleh india bandar San Francisco, pendudukan itu menarik orang asli Amerika yang lain dari seluruh negara.
Orang asli Amerika menuntut ganti rugi untuk banyak perjanjian yang dipecahkan oleh kerajaan A.S. dan untuk tanah-tanah yang diambil dari begitu banyak puak. Dalam membincangkan Hak Penemuan, sejarawan Troy R. Johnson menyatakan dalam pendudukan Pulau Alcatraz, bahawa orang asli tahu tentang Alcatraz sekurang-kurangnya 10,000 tahun sebelum mana-mana orang Eropah tahu tentang mana-mana bahagian Amerika Utara.

Selama sembilan belas bulan dan sembilan hari pendudukan oleh orang India Amerika, beberapa bangunan di Alcatraz rosak atau musnah oleh kebakaran, termasuk dewan rekreasi, kuarters Pengawal Pantai dan rumah warden. Asal usul kebakaran dipertikaikan. Kerajaan AS merobohkan beberapa bangunan lain (kebanyakannya pangsapuri) selepas pendudukan telah berakhir. Grafiti dari tempoh pendudukan asli Amerika masih dapat dilihat di banyak lokasi di pulau itu hari ini.
Semasa pendudukan, Presiden Richard Nixon membatalkan dasar penamatan India, yang direka oleh pentadbiran terdahulu untuk menamatkan pengiktirafan persekutuan terhadap suku kaum dan hubungan istimewa mereka dengan kerajaan AS. Beliau menubuhkan dasar baru penentuan nasib sendiri, sebahagiannya kerana publisiti dan kesedaran yang dicipta oleh pendudukan. Pendudukan berakhir pada 11 Jun 1971.

Untuk maklumat lanjut mengenai ulang tahun pendudukan asli Amerika, lawati: https://www.alcatrazcruises.com/programs-and-events/annual-events/american-indian-occupation-anniversary/