Eines der wichtigsten, aber oft vergessenen historischen "Wahrzeichen" von Alcatraz Island ist die Besetzung durch die amerikanischen Ureinwohner, die von 1969 bis 1971 im Vordergrund stand.
Ab dem 20. November 1969 besetzte eine Gruppe amerikanischer Ureinwohner, die sich "Indians of All Tribes" nannte und zumeist aus Studenten aus San Francisco bestand, die Insel, um gegen die Bundespolitik in Bezug auf amerikanische Indianer zu protestieren. Einige von ihnen waren Kinder amerikanischer Ureinwohner, die im Rahmen der "Indian termination policy" des Bureau of Indian Affairs (BIA) in die Stadt umgesiedelt worden waren. Dabei handelte es sich um eine Reihe von Gesetzen und Maßnahmen, die auf die Assimilierung amerikanischer Ureinwohner in die amerikanische Gesellschaft abzielten, insbesondere durch die Ermutigung amerikanischer Ureinwohner, aus den Indianerreservaten in die Städte zu ziehen. Zu dieser Zeit hielten sich auch einige Mitarbeiter der BIA auf Alcatraz auf, darunter Doris Purdy, eine Amateurfotografin, die später Filmaufnahmen von ihrem Aufenthalt auf der Insel machte.

Die Besetzer, die fast zwei Jahre lang auf der Insel blieben, verlangten, dass die Einrichtungen der Insel angepasst und neue Strukturen für ein indianisches Bildungszentrum, ein ökologisches Zentrum und ein Kulturzentrum gebaut werden. Die amerikanischen Indianer beanspruchten die Insel aufgrund der Bestimmungen des Vertrags von Fort Laramie (1868) zwischen den USA und den Sioux. Sie machten geltend, dass der Vertrag die Rückgabe aller stillgelegten, verlassenen oder nicht mehr genutzten Bundesländer an die Ureinwohner vorsah, von denen sie erworben worden waren. Indianer aller Stämme beanspruchten Alcatraz Island aufgrund des "Rechts der Entdeckung", da die Ureinwohner die Insel bereits Tausende von Jahren vor den Europäern in Nordamerika entdeckt hatten. Die von den Stadtindianern von San Francisco begonnene Besetzung zog andere amerikanische Ureinwohner aus dem ganzen Land an.
Die amerikanischen Ureinwohner forderten Wiedergutmachung für die vielen von der US-Regierung gebrochenen Verträge und für das Land, das so vielen Stämmen genommen wurde. Der Historiker Troy R. Johnson stellt in seinem Buch The Occupation of Alcatraz Island (Die Besetzung der Insel Alcatraz) fest, dass die Ureinwohner von Alcatraz mindestens 10 000 Jahre vor den Europäern wussten, dass es einen Teil Nordamerikas gibt.

Während der neunzehn Monate und neun Tage dauernden Besetzung durch die Indianer wurden mehrere Gebäude auf Alcatraz durch Brände beschädigt oder zerstört, darunter die Freizeithalle, die Unterkünfte der Küstenwache und das Haus des Gefängnisdirektors. Der Ursprung der Brände ist umstritten. Nach dem Ende der Besetzung riss die US-Regierung eine Reihe weiterer Gebäude (meist Wohnungen) ab. Graffiti aus der Zeit der indianischen Besetzung sind noch heute an vielen Stellen der Insel zu sehen.
Während der Besetzung hob Präsident Richard Nixon die Politik der Beendigung der Indianer auf, die von früheren Regierungen entwickelt worden war, um die bundesstaatliche Anerkennung der Stämme und ihre besonderen Beziehungen zur US-Regierung zu beenden. Er führte eine neue Politik der Selbstbestimmung ein, die zum Teil auf die durch die Besetzung geschaffene Öffentlichkeit und das dadurch geschaffene Bewusstsein zurückzuführen war. Die Besetzung endete am 11. Juni 1971.

Weitere Informationen über den Jahrestag der Besetzung durch die amerikanischen Ureinwohner finden Sie unter: https://www.alcatrazcruises.com/programs-and-events/annual-events/american-indian-occupation-anniversary/