アルカトラズ島はゴールデンゲートのすぐ東、サンフランシスコ湾の真ん中に位置する。気候は予測不可能で、冷たい海水と暖かい谷によって突然変化する。朝は寒く霧が立ちこめ、午後には晴れ間がのぞき、午後には霧と強風が吹き荒れることもある。
4月、5月、6月が最も過ごしやすい気候で、9月、10月もまた過ごしやすい気候である。夏は最も涼しく、霧が発生し、サンフランシスコを訪れる県外からの観光客を驚かせる。

アルカトラズ島の気温は、24°C（75°F）を超えることも、3°C（38°F）を下回ることもめったにない。雪はほとんど降らないが、冬は雨が多く寒い。どの季節も午後に風が吹くことが多い。

冬から春先にかけて雨がよく降る。アルカトラズ・ツアーのルートの約半分は、雨よけがない外の道路を通るので、雨天の可能性を考慮した服装を。(雨具の購入はアルカトラズ・ランディングと島の書店で可能)。

ネイティブ・サンフランシスカンには格言がある："常に重ね着をして、気持ちよく驚かれることを願う"