Первыми людьми, посетившими остров Алькатрас, были коренные жители, прибывшие сюда между 10 000 и 20 000 лет назад. Вокруг залива жили две большие группы: мивок, обитавшие к северу от залива на территории нынешнего округа Марин, и олон, жившие в прибрежных районах между Пойнт-Суром и заливом Сан-Франциско.
Раннее использование Алькатраса этими коренными народами трудно восстановить, поскольку большинство устных историй племен утеряно. Историки считают, что Алькатрас использовался как место для разбивки палаток и сбора пищи, особенно яиц птиц и морских обитателей. По одной из традиций, остров мог использоваться в качестве места ссылки для членов племени, нарушивших племенной закон.

Когда в 1769 году сюда прибыли первые испанские исследователи, вокруг залива Сан-Франциско проживало более 10 000 коренных жителей.