La storia più ampia dell'occupazione di Alcatraz da parte degli Indiani d'America 50 anni fa potrebbe facilmente includere una fetta più ampia della storia americana - fino a un trattato del XIX secolo e alla vendita dell'isola di Manhattan nel 1626 e fino ai giorni nostri - ma la linea temporale principale inizia nel novembre 1969 e dura poco più di un anno e mezzo. 

Dopo che nell'ottobre 1969 un incendio distrusse l'American Indian Center di San Francisco, un gruppo di attivisti iniziò a parlare di occupare l'isola di Alcatraz, che era stata dichiarata terreno in eccedenza nel 1964 dopo la chiusura della prigione avvenuta l'anno precedente. Un primo piccolo gruppo di manifestanti, tra cui lo studente della San Francisco State Richard Oakes, raggiunse l'isola in barca il 9 novembre e vi trascorse la notte prima di essere allontanato dalle autorità.

Il 19 novembre 1969, 89 attivisti sotto il nome di Indians of All Tribes (conosciuti ufficialmente come Indians of All Tribes, Inc.), si riunirono al No-Name Bar di Sausalito e furono traghettati nel cuore della notte da barcaioli locali simpatizzanti del movimento. Citando un trattato del 1868 che permetteva agli Indiani d'America di appropriarsi di "terre federali in eccedenza" e una storia di occupazione di Alcatraz da parte di alcune delle prime popolazioni indigene della Baia di San Francisco, i 14 manifestanti che sono riusciti a sbarcare nel primo viaggio hanno rivendicato l'isola e hanno iniziato ad occupare l'ex penitenziario federale. 

Un blocco dell'isola da parte della Guardia Costiera impedì alla maggior parte delle barche di sbarcare durante il viaggio iniziale, ma con il continuo passaggio di barche, la popolazione di Alcatraz crebbe fino a 600 persone nel giro di pochi mesi. I funzionari dello staff del presidente Richard Nixon proposero di assaltare l'isola con gli sceriffi federali, ma si trattennero per paura di un assalto di alto profilo a un gruppo che comprendeva donne e bambini.

Secondo un proclama consegnato ai media e ai funzionari governativi dal leader emergente Richard Oakes, gli indiani di tutte le tribù avevano preso il controllo dell'isola, ma erano pronti a pagare "24 dollari in perline di vetro e stoffa rossa" per la proprietà, l'importo che i coloni europei pagarono agli indiani d'America per l'isola di Manhattan. Il gruppo progettava di costruire un centro culturale per gli studi sui nativi americani, un museo, un centro spirituale e un centro ecologico.

Al secondo giorno di permanenza sull'isola, gli organizzatori hanno allestito una clinica sanitaria. Alla fine, il personale comprendeva tre medici volontari e due infermieri, rendendo possibile rispondere alle emergenze a tutte le ore. L'11 dicembre 1969, gli Indiani di tutte le tribù aprirono la Big Rock School, ammettendo 12 studenti elementari (dall'asilo alla sesta classe), anche se alla fine del mese le iscrizioni crebbero a 22 studenti. Il programma di studi comprendeva la maggior parte delle materie tipiche - lettura, matematica, geografia - oltre alla storia, alla cultura e alle arti native. Di tanto in tanto gli studenti lasciavano l'isola per recarsi al Museo d'Arte di Oakland, al Planetario Morrison e allo zoo di San Francisco.

Il 22 dicembre, la stazione radiofonica di Berkeley KPFA-FM ha iniziato a trasmettere dall'isola una trasmissione quotidiana in prima serata, nota come Radio Free Alcatraz, che andava in onda anche sulle stazioni affiliate di KPFA a New York e Los Angeles. La programmazione poneva l'accento sulla cultura indiana e sui problemi politici e sociali dell'isola e dei membri delle tribù di tutto il mondo. Le trasmissioni, dirette da John Trudell, un Santee Sioux del Nebraska, durarono fino alla fine del 1970. 

Se inizialmente il sostegno pubblico fu forte, compresi gruppi sindacali e celebrità come Jane Fonda, Marlon Brando e la band Creedence Clearwater Revival (che donò 15.000 dollari per una barca), all'inizio del 1970 fu sempre più evidente la realtà di cercare di sostenere una grande comunità sull'isola con un'infrastruttura vecchia e senza acqua dolce. 

Mentre i leader degli Indiani di tutte le tribù facevano richiesta formale al National Council on Indian Opportunity di strutture, attrezzature, forniture mediche e trasporti per rendere l'isola più abitabile, i funzionari della General Services Administration federale - che sovrintende all'isola - continuavano ad avvisare gli Indiani di tutte le tribù e i media che gli occupanti erano considerati "trasgressori" e che il governo federale "non si assume alcuna responsabilità per la vostra sicurezza mentre rimanete su quest'isola".

A gennaio, la figliastra tredicenne di Richard Oakes, Yvonne, morì a causa di una caduta da diverse rampe di scale. Oakes e la sua famiglia lasciarono l'isola per elaborare il lutto, lasciando che altri leader degli Indiani di tutte le tribù si occupassero della pianificazione dell'isola e delle trattative con il governo, dal quale i leader degli Indiani d'America insistevano per ottenere niente di meno che l'atto di proprietà del terreno e i fondi per la costruzione di un'università. 

I leader dell'occupazione dovettero affrontare difficoltà crescenti con i visitatori non indiani, per lo più membri della cultura hippie della droga di San Francisco che gravitavano intorno alla causa antigovernativa e all'alloggio gratuito. I leader degli Indiani di tutte le tribù alla fine vietarono ai non indiani di passare la notte, anche se a quel punto la popolazione dei membri delle tribù era già in declino con il ritorno degli studenti a scuola. Nel maggio 1970, il governo stava lavorando per trasferire Alcatraz sotto la giurisdizione del Dipartimento degli Interni, con l'obiettivo di includerla nel sistema dei parchi nazionali. 

Sebbene a metà del 1970 il movimento avesse perso parte del suo slancio iniziale, l'attenzione pubblica che aveva ottenuto spinse la Casa Bianca di Nixon, a luglio, a porre fine alla politica governativa di "cessazione" dei benefici e delle terre per gli indiani d'America; il presidente affermò che "l'autodeterminazione del popolo indiano può e deve essere incoraggiata senza la minaccia di un'eventuale cessazione". In occasione del primo anniversario dell'occupazione, gli Indiani di tutte le tribù hanno tenuto una conferenza stampa per svelare i piani della Thunderbird University sull'isola. 

Nell'estate del 1970, i funzionari federali tagliarono l'acqua ad Alcatraz. In risposta, i leader degli Indiani di tutte le tribù annunciarono che avrebbero iniziato a offrire tour dell'isola per raccogliere fondi per comprare acqua in bottiglia e altre forniture. I funzionari della General Services Administration annunciarono subito che l'isola era "insicura e pericolosa" e che i trasgressori sarebbero stati perseguiti.

Gli incendi di Alcatraz del giugno 1970 avevano distrutto diverse strutture principali e messo fuori uso il faro, che veniva ancora utilizzato per la navigazione nella baia di San Francisco. Nel gennaio 1971, una collisione tra due navi cisterna, che scaricò 800.000 galloni di greggio vicino al Golden Gate Bridge, fu imputata alla mancanza di un faro funzionante ad Alcatraz, erodendo ulteriormente il sostegno pubblico all'occupazione.

Nel giro di pochi mesi, i funzionari tagliarono l'ultima corrente elettrica all'isola e l'11 giugno 1971, quando il personale federale prese d'assalto l'isola, erano rimaste solo 15 persone, cinque delle quali bambini. Sebbene l'occupazione in sé non abbia raggiunto i suoi obiettivi originari, è ampiamente accreditata per aver generato centinaia di altre proteste degli Indiani d'America e una crescente consapevolezza dei problemi correlati negli Stati Uniti e altrove. 

Nel 1972, l'isola di Alcatraz è stata incorporata nella Golden Gate National Recreation Area, parte del sistema dei parchi nazionali degli Stati Uniti.