עבור רבים, הגעת המהגרים לאליס איילנד תימשך בין שבוע לכמה חודשים. אם היה חשש לנוסע שעניינו משפטי או רפואי, הנוסע היה מורחק ומוחזק באחד ממגורי בית החולים בבניין הסמוך לכניסה הראשית למפלס. בהתאם למצב, האדם יוחזק באי במשך שבוע או חודש או יגורש חזרה לארצם המקורית. בית החולים באי היה אחד מבתי החולים לבריאות הציבור הגדולים בארצות הברית. היו עשרים ושניים מבני בתי חולים הפרושים על פני שני איים. בשל מעמדו של בית החולים וגודל הצוות שהעסיק למעלה מ-300 רופאים, אחיות ואנשי צוות רפואי אחרים, נודע בית החולים כמושך אליו משקיפים רפואיים מארצות הברית אירופה.