האנשים הראשונים שביקרו באי אלקטרז היו עמים ילידים שהגיעו לשם לפני 10,000 עד 20,000 שנה. שתי קבוצות גדולות חיו סביב המפרץ: המיבוק שחיו מצפון למפרץ במחוז הנוכחי של מרין, והאוהלון שחיו באזורי החוף שבין פוינט סור למפרץ סן פרנסיסקו.
השימוש המוקדם באלקטרז על ידי עמים ילידים אלה קשה לשחזור מכיוון שרוב ההיסטוריות שבעל פה של השבטים אבדו. היסטוריונים מאמינים כי אלקטרז שימש כמקום לקמפינג ואזור לאיסוף מזון, במיוחד ביצים של ציפורים ובעלי חיים ימיים. מסורת אחת הייתה שהאי שימש כמקום גלות לבני השבט שהפרו את חוקי השבט.

כאשר הגיעו מגלי הארצות הספרדים הראשונים בשנת 1769, יותר מ -10,000 ילידים חיו סביב מפרץ סן פרנסיסקו.