بالنسبة للكثير من المهاجرين الذين يصلون إلى جزيرة إليس قد يستغرق وصولهم إلى الجزيرة من أسبوع إلى بضعة أشهر. إذا كانت هناك مشكلة مع أحد الركاب تتعلق بالجانب القانوني أو الطبي، كان يتم إبعاده واحتجازه في أحد أجنحة المستشفى في المبنى المجاور لمدخل الطابق الرئيسي. واعتماداً على الحالة كان يتم إبقاء الشخص في الجزيرة لمدة أسبوع أو شهر أو يتم ترحيله إلى بلده الأصلي. كان المستشفى في الجزيرة أحد أكبر مستشفيات الصحة العامة في الولايات المتحدة. كان هناك اثنان وعشرون مبنى للمستشفى موزعة على جزيرتين. ونظرًا لمكانة المستشفى وحجم طاقمه الذي كان يعمل به أكثر من 300 طبيب وممرض وطاقم طبي آخر، كان المستشفى معروفًا باستقطاب المراقبين الطبيين من الولايات المتحدة الأمريكية في أوروبا.