Для многих иммигрантов прибытие на остров Эллис длилось от одной недели до нескольких месяцев. Если у пассажира возникали проблемы юридического или медицинского характера, его выводили из здания и помещали в один из больничных корпусов, расположенных рядом с главным входом. В зависимости от ситуации человека либо оставляли на острове на неделю или месяц, либо депортировали обратно в свою страну. Больница на острове была одним из крупнейших государственных медицинских учреждений в Соединенных Штатах. На двух островах располагалось двадцать два здания больницы. Благодаря статусу больницы и численности персонала, в которой работало более 300 врачей, медсестер и других медицинских работников, она была хорошо известна и привлекала медицинских наблюдателей из Европы и Соединенных Штатов.