Alcatraz Island ligt midden in San Francisco Bay net ten oosten van de Golden Gate, de natuurlijke toegangspoort tot de Stille Oceaan. Het klimaat is onvoorspelbaar en kan plotseling veranderen op basis van koele wateren en warme valleien. Koude, mistige ochtenden kunnen plaatsmaken voor zonnige middagen die op hun beurt 's middags weer snel kunnen omslaan naar mist en stormachtige wind.
Het aangenaamste weer is meestal in april, mei en juni, en dan weer in september en oktober. De zomer brengt het koelste weer en de zwaarste mist naar het eiland, wat veel bezoekers van buiten San Francisco verrast.

De temperaturen op Alcatraz Island komen zelden boven de 24°C of onder de 3°C. Het sneeuwt bijna nooit op het eiland, maar de winters kunnen nat en koud zijn. Middagwinden komen in elk seizoen voor.

Regen komt vaak voor in de winter en het vroege voorjaar. Ongeveer de helft van de Alcatraz tour gaat over buitenwegen zonder beschutting tegen de regen, dus kleed je op mogelijk nat weer. (Regenkleding is te koop bij Alcatraz Landing en in de boekwinkels op het eiland).

Inheemse San Franciscanen hebben een gezegde: "Kleed je altijd in lagen en hoop aangenaam verrast te worden."