1850 तक गोल्ड रश अपनी ऊंचाई पर था, और कैलिफोर्निया को संघ में तीसवें राज्य के रूप में भर्ती कराया गया था। Alcatraz और कई अन्य खाड़ी द्वीपों को 6 नवंबर, 1850 को राष्ट्रपति के आदेश से "सार्वजनिक उद्देश्यों के लिए" आरक्षित किया गया था।
गोल्ड रश के दौरान सैन फ्रांसिस्को की ओर जाने वाले सैकड़ों जहाज खतरनाक कैलिफोर्निया तट के साथ बर्बाद हो गए। संयुक्त राज्य अमेरिका के पश्चिमी तट पर पहला लाइटहाउस सैन फ्रांसिस्को खाड़ी में जहाजों को सुरक्षित रूप से मार्गदर्शन करने के लिए अल्काट्राज़ पर बनाया गया था। लाइटहाउस 1 जून, 1854 को सेवा में चला गया।

अमेरिकी सेना, सैन फ्रांसिस्को खाड़ी को महसूस करते हुए दुश्मन के हमले की चपेट में थी, अल्काट्राज़ द्वीप पर एक किले सहित रणनीतिक बैटरी के साथ बंदरगाह के प्रवेश द्वार को मजबूत किया। किला दिसंबर 1859 में पूरा हुआ था। अमेरिकी गृहयुद्ध (1861-1865) के दौरान अल्काट्राज़ मिसिसिपी नदी के पश्चिम में सबसे बड़ा अमेरिकी किला बन गया।

सेना ने 1860 की शुरुआत में सैनिक-दोषियों को अल्काट्राज़ किले में भेजना शुरू किया। अगले चालीस वर्षों में, द्वीप धीरे-धीरे एक किलेबंदी के रूप में अप्रचलित हो गया और जेल के रूप में अधिक महत्वपूर्ण हो गया। अमेरिकी सेना ने किले की बंदूकें हटा दीं और 1907 में औपचारिक रूप से अल्काट्राज़ को एक सैन्य जेल के रूप में नामित किया।

सेना ने 1915 में द्वीप का नाम बदलकर "पैसिफिक ब्रांच, यूएस डिसिप्लिनरी बैरक" कर दिया - सजा और पुनर्प्रशिक्षण से गुजरने वाले सैनिकों के लिए एक जेल। सेना के कैदियों ने द्वीप पर अधिकांश इमारतों का निर्माण किया। 1933 में अंतिम सैनिकों के जाने तक द्वीप के लिए यह अंतिम सैन्य भूमिका होगी।