كان أول من زار جزيرة ألكتراز هم السكان الأصليون الذين وصلوا إلى هناك منذ ما بين 10000 و20000 سنة مضت. عاشت مجموعتان كبيرتان حول الخليج: الميووك الذين عاشوا شمال الخليج في مقاطعة مارين الحالية، والأولون الذين عاشوا في المناطق الساحلية بين بوينت سور وخليج سان فرانسيسكو.
ومن الصعب إعادة بناء الاستخدام المبكر لألكتراز من قبل هذه الشعوب الأصلية لأن معظم التواريخ الشفوية للقبائل قد ضاعت. ويعتقد المؤرخون أن الكاتراز كان يستخدم كمكان للتخييم ومنطقة لجمع الطعام، وخاصة بيض الطيور والحياة البحرية. وقد يكون أحد التقاليد أن الجزيرة كانت تستخدم كمكان لنفي أفراد القبيلة الذين انتهكوا القانون القبلي.

عندما وصل أول المستكشفين الإسبان في عام 1769، كان أكثر من 10,000 شخص من السكان الأصليين يعيشون حول خليج سان فرانسيسكو.