Pulau Alcatraz terletak di tengah-tengah Teluk San Francisco di timur Golden Gate; pintu masuk semula jadi ke Lautan Pasifik. Iklim tidak dapat diramalkan dan boleh berubah secara tiba-tiba berdasarkan perairan yang sejuk dan lembah yang hangat. Pagi yang sejuk dan berkabus mungkin memberi laluan kepada petang yang cerah yang seterusnya boleh beralih dengan cepat kembali kepada kabus dan angin kencang pada sebelah petang.
Cuaca yang paling menyenangkan biasanya berlaku pada bulan April, Mei dan Jun, dan sekali lagi pada bulan September dan Oktober. Musim panas membawa beberapa cuaca paling sejuk dan kabus paling tebal ke Pulau itu, yang mengejutkan ramai pelawat luar bandar ke San Francisco.

Suhu di Pulau Alcatraz jarang meningkat melebihi 75°F (24°C) atau jatuh di bawah 38°F (3°C). Ia hampir tidak pernah turun salji di Pulau itu, tetapi musim sejuk boleh menjadi basah dan sejuk. Angin petang adalah perkara biasa pada setiap musim.

Hujan kerap berlaku semasa musim sejuk dan awal musim bunga. Kira-kira separuh daripada laluan pelancongan Alcatraz berada di sepanjang jalan raya luar tanpa perlindungan daripada hujan, jadi berpakaian untuk kemungkinan cuaca basah. (Peralatan hujan boleh dibeli di Alcatraz Landing dan di kedai buku Pulau.)

Orang asli San Francisco mempunyai pepatah: "Sentiasa berpakaian berlapis-lapis dan berharap untuk terkejut."