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Ogni edificio ha un passato. Prima del ripristino di Ellis Island, l'isola era un tempo occupata da tribù di nativi americani note come tribù Algonquin, che si trovavano nella regione nord-orientale del Nord America. Si dice che la tribù dei nativi americani si riversasse sull'isola perché vi si trovavano ostriche fresche, crostacei, pesciolini e spigole, tutte fonti di approvvigionamento alimentare. In seguito gli olandesi diedero all'isola il nome di "Oyster Island". L'archeologia ha scoperto nel 1985, in occasione del restauro di Ellis Island, che sono state trovate ossa di anatra, ossa di tartaruga e ossa di cervo, dando ai ricercatori un'idea più chiara della dieta trovata tra Liberty ed Ellis Island.
Nel 1624, gli olandesi crearono una stazione di commercio di pellicce. Nel 1664 arrivarono gli inglesi e ribattezzarono l'isola, un tempo "Nuova Olanda", in "New York". Nei cento anni successivi, l'isola passò attraverso una serie di nomi e nel 1774 fu acquistata da Samuel Ellis. Dopo la morte di Samuel Ellis, lo Stato di New York acquistò l'isola rendendola ufficialmente proprietà del governo.
