A Ilha de Alcatraz situa-se no meio da Baía de São Francisco, a leste da Golden Gate, a porta natural para o Oceano Pacífico. O clima é imprevisível e pode mudar repentinamente com base em águas frias e vales quentes. As manhãs frias e enevoadas podem dar lugar a tardes soalheiras que, por sua vez, podem voltar rapidamente ao nevoeiro e aos ventos tempestuosos da tarde.
O tempo mais agradável ocorre geralmente durante os meses de abril, maio e junho, e depois novamente durante setembro e outubro. O verão traz à ilha o tempo mais fresco e o nevoeiro mais intenso, o que surpreende muitos visitantes de fora da cidade de São Francisco.

As temperaturas em Alcatraz Island raramente sobem acima dos 75°F (24°C) ou descem abaixo dos 38°F (3°C). Quase nunca neva na ilha, mas os invernos podem ser húmidos e frios. Os ventos da tarde são comuns em todas as estações.

A chuva ocorre frequentemente durante o inverno e o início da primavera. Cerca de metade do Alcatraz a rota da excursão é ao longo de estradas exteriores sem abrigo da chuva, por isso vista-se para um possível tempo chuvoso. (O equipamento de chuva está disponível para compra em Alcatraz Landing e nas livrarias da ilha).

Os nativos de São Francisco têm um ditado: "Veste-te sempre em camadas e espera ser agradavelmente surpreendido".