Alcatraz द्वीप की यात्रा करने वाले पहले लोग स्वदेशी लोग थे जो 10,000 और 20,000 साल पहले वहां पहुंचे थे। खाड़ी के आसपास दो बड़े समूह रहते थे: मिवोक जो मारिन के वर्तमान काउंटी में खाड़ी के उत्तर में रहते थे, और ओहलोन जो प्वाइंट सुर और सैन फ्रांसिस्को खाड़ी के बीच तटीय क्षेत्रों में रहते थे।
इन स्वदेशी लोगों द्वारा अल्काट्राज़ का प्रारंभिक उपयोग पुनर्निर्माण करना मुश्किल है क्योंकि जनजातियों के अधिकांश मौखिक इतिहास खो गए थे। इतिहासकारों का मानना है कि अल्काट्राज़ का उपयोग शिविर के लिए एक जगह और भोजन इकट्ठा करने के लिए एक क्षेत्र के रूप में किया जाता था, विशेष रूप से पक्षियों और समुद्री जीवन के अंडे। एक परंपरा यह हो सकती है कि द्वीप का उपयोग जनजाति के सदस्यों के लिए निर्वासन के स्थान के रूप में किया गया था जिन्होंने आदिवासी कानून का उल्लंघन किया था।

जब 1769 में पहले स्पेनिश खोजकर्ता पहुंचे, तो 10,000 से अधिक स्वदेशी लोग सैन फ्रांसिस्को खाड़ी के आसपास रह रहे थे।