تقع جزيرة ألكاتراز في وسط خليج سان فرانسيسكو شرق البوابة الذهبية؛ البوابة الطبيعية للمحيط الهادئ. لا يمكن التنبؤ بالمناخ ويمكن أن يتغير فجأة بناءً على المياه الباردة والوديان الدافئة. قد يفسح الصباح البارد والضبابي المجال لوقت الظهيرة المشمس والذي بدوره يمكن أن يتحول بسرعة إلى ضباب ورياح عاصفة في فترة ما بعد الظهر.
وعادةً ما يكون الطقس الأكثر لطفاً خلال أبريل/نيسان ومايو/أيار ويونيو/حزيران، ثم مرة أخرى خلال شهري سبتمبر/أيلول وأكتوبر/تشرين الأول. يجلب الصيف بعضاً من أروع الأجواء وأشدها ضباباً إلى الجزيرة، وهو ما يفاجئ العديد من زوار سان فرانسيسكو من خارج المدينة.

ونادراً ما ترتفع درجات الحرارة في جزيرة الكاتراز عن 75 درجة فهرنهايت (24 درجة مئوية) أو تقل عن 38 درجة فهرنهايت (3 درجات مئوية). ونادراً ما تتساقط الثلوج على الجزيرة، ولكن يمكن أن يكون الشتاء رطباً وبارداً. رياح الظهيرة شائعة خلال كل موسم.

تهطل الأمطار بشكل متكرر خلال فصل الشتاء وأوائل الربيع. يقع نصف مسار جولة الكاتراز تقريبًا على طول الطرق الخارجية دون مأوى من المطر، لذا ارتدِ ملابس للطقس الرطب المحتمل. (تتوفر معدات المطر للشراء في الكاتراز لاندينج وفي مكتبات الجزيرة).

لدى سكان سان فرانسيسكان الأصليين مثل يقول "ارتدِ دائماً طبقات من الملابس وتمنَّ أن تفاجأ بمفاجأة سارة."