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Chaque bâtiment a un passé. Avant le rétablissement d'Ellis Island, l'île était occupée par des tribus amérindiennes, les Algonquins, qui vivaient dans le nord-est de l'Amérique du Nord. On dit que les tribus amérindiennes affluaient sur l'île parce qu'elle abritait des huîtres fraîches, des coquillages, des poissons à nageoires et des bars rayés, qui constituaient tous une source d'approvisionnement alimentaire. Plus tard, les Hollandais ont donné à l'île le nom de "Oyster Island" (île aux huîtres). En 1985, lors de la restauration d'Ellis Island, des os de canard, de tortue et de cerf ont été découverts, ce qui a permis aux chercheurs de se faire une idée plus précise du régime alimentaire qui existait entre Liberty et Ellis Island.

En 1624, les Hollandais ont créé une station de traite des fourrures. En 1664, les Anglais sont arrivés et ont rebaptisé l'ancienne "Nouvelle Hollande" en "New York". Au cours des cent années suivantes, l'île a changé de nom et, en 1774, elle a été achetée par Samuel Ellis. Après la mort de Samuel Ellis, l'État de New York a acheté l'île, la rendant ainsi officiellement propriété du gouvernement.