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Em cada edifício há um passado. Antes do restabelecimento da Ilha Ellis, a ilha foi outrora ocupada por tribos nativas americanas conhecidas como a tribo Algonquin, que se situava na região nordeste da América do Norte. Dizia-se que a tribo nativa americana se deslocava para a ilha porque nela se encontravam ostras frescas, mariscos, peixes de barbatana e robalos, todos eles uma fonte de abastecimento alimentar. Mais tarde, os holandeses deram à ilha o nome de "Ilha das Ostras". A arqueologia surgiu em 1985, aquando da restauração da Ilha Ellis, onde foram encontrados ossos de pato, de tartaruga e de veado, dando aos investigadores uma ideia mais clara da dieta alimentar existente entre a Liberty e a Ilha Ellis.

Em 1624, os holandeses criaram uma estação de comércio de peles. Em 1664, os ingleses chegaram e mudaram o nome da antiga "Nova Holanda" para "Nova Iorque". Nos cem anos seguintes, a ilha passou por uma série de nomes e, em 1774, foi comprada por Samuel Ellis. Após a morte de Samuel Ellis, o Estado de Nova Iorque comprou a ilha, tornando-a oficialmente propriedade do governo.